Založba Modrijan deluje 20 let. Vse od ustanovitve je njena temeljna dejavnost izdajanje šolske literature: učbenikov in delovnih zvezkov. Skrbi za številna predmetna področja: slovenščino, matematiko, kemijo, biologijo, fiziko, naravoslovje, naravoslovje in tehniko, geografijo, zgodovino, družbo, spoznavanje okolja in likovno vzgojo. Izdala je tudi nekaj učbenikov za izbirne predmete v osnovni šoli in za latinščino v srednji šoli.
Knjižni program je bil prvih nekaj let skromen, danes obsega vse od poljudnoznanstvene in strokovne literature do domačega in prevodnega leposlovja. Leta 2008 je Založba izdala zbirko Euroman – 27 proznih del, iz vsake države EU po eno, je izšlo v enem dnevu. Redne zbirke so Poteze (avtobiografije, biografije in biografski romani, spomini ipd.), Bralec (romani in kratke zgodbe sodobnih domačih in tujih avtorjev), Nostalgija (prevodi starejših »kanoniziranih« literarnih del) in Svila (krajša literarna besedila pomembnejših in v slovenščini že objavljenih književnikov). Med najpomembnejši avtorji, katerih dela so izšla pri Modrijanu, so Drago Jančar, Andrej E. Skubic, Katarina Marinčič, Božo Repe, Peter Vodopivec, Joyce Carol Oates, Angela Carter, Svetlana Aleksijevič, Annie Proulx, Philip Roth, Salman Rushdie, Milan Kundera, John McGahern, Richard Dawkins, Noam Chomsky, Umberto Eco, Umberto Galimberti ... Na leto izide do 50 novih knjižnih naslovov in do deset novih učnih gradiv.